우리나라 개인 기초연구사업은 연구역량단계별로 운영되고 있다. 그러나 학문분야별 차별화된 프로그램의 운영이나 학문분야별 특성을 고려한 연구비 배분에 대한 수요가 높다. 또한 기존 수월성 위주의 기초연구지원사업 틀로는 다양성과 창의성을 골자로 하는 연구자주도형 기초연구 확대에 걸림돌로 작용할 수 있다. 이에 본 연구는 기초연구의 다양성 확보를 위한 투자시스템 전환에 관한 논의의 시발점을 제공하기 위해, 논문의 질적 성과지표를 활용하여 연구역량단계별, 학문분야별 연구 성과를 분석한 후 기존 기초연구사업의 운영방향에 대해 제언을 하고자 한다. 분석 결과 개인 기초연구사업의 경우 연구역량단계가 높을수록 연구의 질적 수준이 높게 나타났다. 또한 카이제곱 검정을 통해 살펴본 결과 학문분야별로 연구 성과에 차이가 나는 것으로 분석되었다. 연구결과를 토대로 본 연구는 연구역량단계별로 운영하는 개인 기초연구사업의 운영체제에 취약 기초과학을 선배정후 학문분야별 선정률에 차이를 두는 방안을 제안한다.