download0 view175
twitter facebook

공공누리This item is licensed Korea Open Government License

Title
Managing Biological Networks by Using Text Mining and Computer-aided Curation
Author(s)
유석종유재수이민호임종태조용성
Publication Year
2015-11-20
Abstract
In order to understand a biological mechanism in a cell, a researcher should collect a huge numberof protein interactions with experimental data from experiments and the literature. Text miningsystems that extract biological interactions from papers have been used to construct biologicalnetworks for a few decades. Even though the text mining of literature is necessary to constructa biological network, few systems with a text mining tool are available for biologists who wantto construct their own biological networks. We have developed a biological network constructionsystem called BioKnowledge Viewer that can generate a biological interaction network by using atext mining tool and biological taggers. It also Boolean simulation software to provide a biologicalmodeling system to simulate the model that is made with the text mining tool. A user can downloadPubMed articles and construct a biological network by using the Multi-level Knowledge EmergenceModel (KMEM), MetaMap, and A Biomedical Named Entity Recognizer (ABNER) as a text miningtool. To evaluate the system, we constructed an aging-related biological network that consist 9,415nodes (genes) by using manual curation. With network analysis, we found that several genes,including JNK, AP-1, and BCL-2, were highly related in aging biological network. We providea semi-automatic curation environment so that users can obtain a graph database for managingtext mining results that are generated in the server system and can navigate the network withBioKnowledge Viewer, which is freely available at http://bioknowledgeviewer.kisti.re.kr
Keyword
Biological network; Hub gene; Text-mining; Curation; Boolean simulation
Journal Title
Journal of the Korean Physical Society
Citation Volume
67
ISSN
0374-4884
Files in This Item:
There are no files associated with this item.
Appears in Collections:
7. KISTI 연구성과 > 학술지 발표논문
URI
https://repository.kisti.re.kr/handle/10580/14381
http://www.ndsl.kr/ndsl/search/detail/article/articleSearchResultDetail.do?cn=NART74834740
Export
RIS (EndNote)
XLS (Excel)
XML

Browse