분자 그리드 시스템 기반 대규모 바이오·나노 물질 분석 및 자원 제공

Abstract

본 과제는 분자 그리드 시스템 (MGrid 시스템 )을 기반하여 대규모의 바이오.나노 물질을 분석하고 K*Grid 테스트베드에 참여해 그리드 자원 제공을 하는 것으로 구성됨. 0 분자모사 기반 바이오.나노 연구에 최적화된 소프트웨어 시스템 (MGrid System) 의 핵심컴포넌트인 PSE, 그리드 포털, 분산 시뮬레이션 서비스를 아키텍처 표준에 맞춰 연구 개발하였음. 현재 K*Grid 테스트베드에 설치중이며 서비스 오픈을 위한 1 차 안정화와 문서화를 완료하였음. 0 기존의 ad-hoc 한 그리드 포털에서 벗어나 국제적으로 인정된 그리드 포털 개발 도구인 GridSphere 를 이용하여 MGrid 포털을 구현하였고 통합모니터링 도구인 Ganglia 와 인증서 저장소인 Myproxy 를 MGrid 포털에 통합하였음. 0 다양한 분자모사 레가시 소프트웨어를 지원할 수 있는 인터페이스와 이를 통한 표준 시뮬레이션 실행 환경을 설계.개발하였고 MGrid 시스템의 자동설치. 점검 도구를 구현하였음. 0 환형탄수화물의 특성연구 방법 및 절차를 정형화하고 분자 모사를 이용해 환형탄수화물을 이용한 광학 선별성 예측 연구와 용해도 예측연구를 수행하였음. 이러한 연구를 통해 다양한 물질들에 대한 연구를 수행하여 결과를 데이터베이스로 구축한다면 향후 엄청난 학문적 .경제적 가치가 존재함. 100 여개의 실험을 준비하였고 이에 대한 실험을 완료하였음. 0 K* Grid 테스트베드 구축을 위해 본 기관의 리눅스 클러스터 8노드 자원 제공에 참여했으며 이를 활용해 분자 시뮬레이션 연구 및 람다네트워크 성능테스트에 활용하였음. 0 PRAGMA6 에서 시스템 발표 및 데모를 수행하였고 GGF11 에 참여하였음.

This project consists of 4 parts: 3 IT parts and 1 NT parts. Part 1 (IT): Molecular simulation Grid architecture standardization and software system development. Major goals are: development of the core components of Grid system(PSE, Grid portal, distributed simulation service, distributed simulation repository), the core public interface design between PSE and distributed simulation service, construction of standard simulation execution environment, interface design of exterior local resource manager, and the development of molecular simulation Grid software (MGrid). Part 2 (IT): Construction of K*Grid testbed-based bio.nano application Grid. Major goals are: research and analysis the heterogeneous system environment (available resources types and scale) on the K*Grid testbed, design of the local resource monitoring, design of the control of users and resources, and construction of Gridsphere-based portal for users' on K*Grid concurrently access to the Grid application from the web site. Part 3 (NT): Study of ring-shaped carbohydrate. Study the material of Cyclodextrin/CD and the derivatives to execute the simulation, and construction the database of the research results. Part 4 (IT): Offering resources for K*Grid testbed construction. Major goals are: provide 8 Linux cluster nodes (Pentium IV 2G, 1GRAM, 16G HDD) for K*Grid testbed construction.