Multiplex PCR Primer 설계 프로그램 개발

Abstract

다중 PCR법은 진단 및 유전자의 특정 지역에 대한 invitro cloning등에 이용되어지는 강력한 기술이 다. 이러한 다중 PCR에 의해 생성되는 false-positive 산물을 최소화하기 위해 우리는 연구자들이 최적의 primer 쌍을 선택 할 수 있는 응용 프로그램을 개발하였다. Primer 디자인에는 융해온도, GC 조성, primer-이 합체 형성, primer -고리 모양 형성, primer 길이 등이 최적의 pr imer 쌍을 구하는데 매개변수로 이용되어졌다. 본 프로그램은 다중 PCR primer 쌍을 선별하기 위한 알고리즘으로 새로운 점수법을 도입하여 구현했으며, 자바가지 원하는 모든 플랫폼에서 실행 가능하다.

The main contents and scop of the study is the following: o Development of pr imer desi gn modul e - Melting temperature and GC Contents

- Selection algorithm for multiple primer - Dimer and hairpin formation - Selection method of the optimal primer pairs for each gene o Development of sear chi ng funct ion on whol e genome - I ndexi ng method and sear ching funct ion f or genome sequence