그리드 기반한 신약후보물질의 독성 예측 시스템에 관한 연구

Abstract

본 연구에서는 컴퓨터를 이용한 신약 설계 과정에 사용되는 버추얼 스크리닝 및 독성 예측 작업을 그리드 시스템의 높은 성능을 이용하여 수행할 수 있도록 하는 바이오 그리드 포털 구축을 목적으로 연구를 진행하였다.

연구의 진행은 독성 예측에 필요한 데이터베이스 및 소프트웨어 부분과 그리드 시스템 및 포탈 환경을 구축 통합하는 부분으로 나누어 진행되었으며, 각 부분의 연구 진행 결과를 살펴보면 다음과 같다.

1. 독성 예측에 필요한 데이터베이스및 소프트웨어 부분 (연세대학교) 1) 독성 예측에 사용되는 단백질 DB 수집 38 개의 Type 에 대해서 2300 개 정도의 단백질 구조 파일 수집 2) 독성 예측을 위한 소프트웨어 기능 확장 독성 계산 및 화일 변환 기능 구현 및 통합 2. 그리드 시스템 및 포탈 부분 (숭실대학교) 1) 그리드 포탈 환경 구축을 위한 소프트웨어 컴포넌트들을 구현 2) 그리드 포탈에 MSF 워크플로우 엔진을 통합하여 효율적인 작업수행을 가능하게 함 3) GT3 환경에서 작업을 관리하기 위해 워크플로우 엔진의 기능을 확장

This research was divided to two following areas

1. Development of toxic prediction software - Development of GRID-optimized toxic prediction software based on docking methods - This software also integrates functionalites of protein format conversion

2. Research and development of GRID-based environments for toxic prediction - Research and development of GRID-based environment, which performs toxicity prediction and integrates protein data search effectively