Proteome Virtual Image Map 을 이용한 단백질 정보 분석 연구

Abstract

III. 연구개발의 내용 및 범위 (1) 가상 프로테옴 시스템 (Virtual Proteome System :ViPS) - 단백질 데이터베이스로부터 생물의 종별로 단백질의 분포를 단백질의 분자량 및 등전위 값으로 분류하여 가시화한다. - 단백질의 전하량을 가로축으로, 단백질의 분자량을 세로축으로 하는 2차원 평면 상에서 단백질들을 스팟으로 표현함으로써 특정 종에 대하여 지금까지 밝혀진 단백질들의 분포를 파악할 수 있도록 한다. (2) 2차원 젤 단백질 예측 시스템 (Two- Dimensional Gel Protein Prediction System : 2DiPP) - 사용자가 실험에서 얻은 2D- gel image 에서 각 스팟들에 대한 단백질 정보를 질량 분석기로 분석하기 이전에 단백질 데이터베이스를 활용하여 가능한 단백질의 목록을 얻는 시스템을 개발하였다. - 이 시스템은 2D- gel image 의 업로드 및 스팟의 인식 단계 이후의 과정들은 ViPS 에서 개발한 시스템과의 연결에 의하여 동작하는 시스템으로 ViPS 에서 계산에 의해 얻은 가상 imagemap 과 실험에서 얻은 gel image 를 중첩하여 비교하는 개념의 시스템이다. - 2D- gel image 의 실험 오차를 감안하였을 때에 가상 imagemap 과의 차이가 클 것으로 예상되며, 이에 대한 분석은 2D- gel image 의 질적 판단 자료로 활용할 수 있다.

III. Content and scope of the study (1) Virtual Proteome System (ViPS) - Visualizes the protein distribution for each species in two dimensional graph of molecular weight vs. isoelectric point, where protein information is obtained from protein database. - By drawing a two dimensional graph for proteins"" molecular weight and isoelectric point value, the protein distribution can be represented and compared with each other species. (2) Two- Dimensional Gel Protein Prediction System (2DiPP) - From the 2D- gel image uploaded by a user, this system recognize the spot positions and make a database search for matching the spot with possible proteins, before the mass spectral analysis. - After uploading image file and computing the spot locations, this system compare the experimental gel image with the virtual imagemap that is obtained from ViPS. - Considering the experimental error for the 2D- gel image, we expect that the spot locations will be quite different from those of virtual imagemap. Comparing these spots can be a tool for the quality estimation of experimental 2D- gel image.